Folco Quilici nasce a Ferrara nel 1930 dallo storico e giornalista Nello Quilici e dalla pittrice Mimì Buzzachi. Dopo aver iniziato un'attività di tipo cineamatoriale, si è specializzato in riprese sottomarine, diventando molto popolare anche al di fuori dei confini nazionali. Il suo primo lungometraggio è stato "Sesto continente" del 1953, ricco di suggestive immagini subacquee dedicate ai mari australi. Successivamente ha alternato la documentaristica cinematografica con l'attività giornalistica, segnalandosi per le inchieste ed i servizi speciali riguardanti l'ambiente e la civiltà.
Nel 1965 la Esso gli affidò la realizzazione di una serie di film sull'Italia filmata dall'alto tramite elicottero. Nel periodo che va dal 1966 al 1978 furono realizzati 14 di tali documentari, tutti aventi come titolo "L'Italia vista dal cielo". A questi si affiancarono sedici volumi illustrati. I commenti dei quattordici filmati furono affidati a importanti letterati e storici d'arte del'epoca come Cesare Brandi, Mario Praz, Italo Calvino, Guido Piovene, Michele Prisco, Ignazio Silone e Mario Soldati. Successivamente si è dedicato principalmente alla pubblicazione di numerosi testi a partire da "Cacciatori di Navi" del 1984. In qualità di scrittore ha ricevuto altri importanti premi, quali il premio Marzotto, il premio Malta, il premio Fregene, il premio Estense, nel 1997 il "premio Internazionale cultura del mare" e nel 2000 il "Tridente d'oro alla carriera".
Nel 2002 gli è stato inoltre assegnato il premio NEOS dell'Associazione Giornalisti di Viaggio, per la sua attività di scrittore. Dal febbraio 2003 al giugno 2006 ha presieduto l'ICRAM (Istituto Centrale per la ricerca Scientifica e Tecnologica Applicata al Mare), ente pubblico di ricerca sul mare vigilato dal Ministero dell'Ambiente e della Tutela del Territorio e del Mare. Nel 2006 è stato inserito tra i 100 uomini più influenti del pianeta. In tutto ha realizzato trecento film di medio e corto metraggio, facendo sì che la sua attività trovasse largo spazio nella tv italiana ed estera. Nel 2007 ha scritto la prefazione al libro "Le Vie Dell'Argento, Paradiso e Inferno" di Luciano Covolo e di Massimo Belluzzo.