Haruki Murakami nasce a Kyōto, figlio di Chiaki, monaco buddista (egli stesso è stato per qualche tempo monaco nel tempio di famiglia), e di Miyuki, figlia di un commerciante di Osaka. I suoi genitori si conoscono in quanto insegnanti di letteratura nello stesso liceo; dopo le nozze, la madre lascia il lavoro per dedicarsi interamente alla famiglia. Quando Haruki ha un anno, la famiglia si trasferisce a Ashiya, piccolo paese nella prefettura di Hyogo. Poco tempo dopo si sposta a Kobe, città sul mare dove lo scrittore trascorrerà infanzia e adolescenza, molto stimolante dal punto di vista culturale. È qui che Murakami comincerà ad entrare in contatto con libri di autori stranieri, soprattutto inglesi, cominciando poi a scrivere, nel corso della sua frequenza al liceo, sul giornale della scuola.
Terminate le scuole superiori, si iscrive alla facoltà di letteratura dell'università Waseda di Tokyo dove si laurea nel 1975 con una tesi sull'idea del viaggio nel cinema americano. Gli anni della sua frequenza universitaria sono gli anni delle rivolte studentesche. Murakami partecipa molto attivamente a quel periodo, esprimendosi per esempio in maniera molto decisa contro la guerra in Vietnam, nonostante il Giappone non vi avesse preso parte. Nel 1968 conosce Yoko Takahashi, figlia di un commerciante di futon di Tokyo, che diventerà sua moglie. Murakami la sposa infatti nell'ottobre del 1971, affrontando il parere contrario dei propri genitori. Questi infatti avrebbero voluto innanzitutto che il figlio sposasse una donna del Kansai, in secondo luogo non avrebbero desiderato che si unisse in matrimonio prima di terminare gli studi, senza avere perciò un lavoro.
Murakami si traferisce perciò dopo le nozze a casa del padre di Yoko, favorevole invece al sentimento che univa i due giovani, vivendo con questi e Yoko stessa, in quanto la madre della ragazza era morta da tempo e le sorelle di lei già sposate. Haruki per un anno interrompe la frequenza all'università e comincia a lavorare in una stazione televisiva. Poiché questo lavoro non lo soddisfa, lui e la moglie decidono di aprire un jazz bar, utilizzando sia denaro ottenuto in prestito da una banca, che i soldi guadagnati da entrambi lavorando di giorno in un negozio di dischi e di sera in una coffee house. Il bar viene aperto a Kokubunji (Tokyo), nel 1974, e viene chiamato "Peter cat", dal nome di un gatto che lo scrittore aveva avuto qualche anno prima e che aveva lasciato a un suo amico in campagna. Il "Peter Cat" era un coffee bar di giorno, mentre di sera venivano serviti anche alcoolici; l'ambiente era senza finestre, con muri bianchi in stile spagnolo, sedie e tavoli di legno, nonché foto di gatti dappertutto.
Murakami qui preparava drink, metteva musica, leggeva libri e ascoltava le persone; come ammette lui stesso, questa esperienza è stata preziosa per la sua formazione di scrittore. Nel 1977 il jazz bar viene trasferito in una zona più centrale di Tokyo. Il nuovo locale ha come insegna un enorme gatto del Cheshire e all'interno tutto (tavoli, bastoncini, tazze, fiammiferi..) decorato con dei gatti. Murakami fino a questo momento è vissuto interessandosi alle sue due passioni: musica e letteratura, concentrandosi però prevalentemente sulla prima, sentendo lui per primo di non avere ancora l'esperienza necessaria per scrivere un libro. Nell'aprile del 1974 scopre però improvvisamente la sua vocazione letteraria, e inizia così la redazione del suo primo romanzo, "Ascolta la canzone nel vento" (Kaze no uta o kike), pubblicato poi nel 1979. Grazie ad esso vince il premio Gunzo (Gunzou Shinjin Sho) come migliore esordiente. L'anno seguente dà alle stampe "Il flipper del 1973" (1973nen no pinbohru), mentre risale al 1982 la pubblicazione di "Sotto il segno della pecora" (Hitsuji o meguru Bohken), che gli vale il premio Noma (Noma Bungei Shinjin Sho) per scrittori emergenti. I tre libri vengono solitamente riuniti sotto il nome de "La trilogia del Ratto" poiché uno dei personaggi principali si chiama appunto "il Ratto".
Nel 1981 Murakami vende il jazz bar e comincia a vivere dei proventi ricavati dalla vendita dei suoi libri. Nell'ottobre del 1984 si trasferice a Fujisawa, nella prefettura di Kanagawa, una città sul mare a 50 chilometri da Tokyo, mentre nel gennaio del 1985 si trasferisce a Sendagawa, presso Tokyo. Nel 1985 vince il Premio Tanizaki con "La fine del mondo e il paese delle meraviglie" (Sekai no Owari to Haado-boirudo Wandaarando). Nel febbraio del 1986 si trasferisce di nuovo, questa volta a Oiso, nella prefettura di Kanagawa. Dall'ottobre 1986 viaggia tra la Grecia e l'Italia, in particolare, in Sicilia e a Roma, dove scrive nel 1987 "Tokyo blues, Norwegian wood" (Noruwei no mori) - che si rivela fin da subito un autentico caso letterario, vendendo 2 milioni di copie in un anno - e tra il 1987 e il 1988, Dansu dansu dansu (Dance dance dance), pubblicato nel 1988. Nel 1991 si trasferisce negli Stati Uniti dove diviene prima ricercatore associato nell'Università di Princeton, e l'anno successivo professore associato nella stessa università.
Nel 1992 esce Kokkyo no minami, taiyou no nishi, in italiano A sud del confine ad ovest del sole. Nel luglio del 1993 si trasferisce a Santa Ana CA per insegnare all'università William Howard Taft. Nel 1994 e nel 1995 vengono pubblicati i tre volumi di Nejimakidori kuronikuru, L'uccello che girava le viti del mondo, che gli valgono nel 1996 il prestigioso premio Yomiuri. Nel 1997 viene pubblicato Underground, saggio sull'attentato alla metropolitana di Tokyo da parte della setta AUM nel 1994. In questo saggio, Murakami raccoglie le interviste ai sopravvissuti e ai parenti delle vittime, cercando anche di tracciare un quadro del Giappone contemporaneo. Nel 1999 esce Supuhtoniku no Koibito, in italiano La ragazza dello sputnik. Nel 2001 si trasferisce a Oiso, prefettura di Kanagawa (sull'isola di Honshū), dove vive tuttora dedicandosi anche all'attività di maratoneta. Nel 2006 ha ricevuto il Frank O'Connor International Short Story Award per la raccolta di racconti brevi Blind Willow, Sleeping Woman e ha vinto il World Fantasy Award con il romanzo Kafka sulla spiaggia.