Isabel Allende Llona nasce a Lima il 2 agosto del 1942). Nel 1945, a tre anni dalla sua nascita, il padre, Tomas Allende, divorzia e abbandona la famiglia; la madre decide di tornare in Cile con i tre figli e andare a vivere nella casa del nonno a Santiago. Grazie all'aiuto dello zio Salvador Allende, futuro presidente del Cile, poi ucciso nel colpo di Stato del 1973, a Isabel e ai suoi fratelli non mancherà la possibilità di studiare e di vivere senza problemi economici. La casa del nonno sarà poi evocata nel primo romanzo, "La casa degli spiriti", che nel 1982 le darà la notorietà.
Nel 1956 la madre si risposa con un diplomatico e a causa del suo lavoro la famiglia farà dei soggiorni all'estero, prima in Bolivia, poi in Europa e in Libano, soggiorni che permetteranno ad Isabel di conoscere un mondo diverso da quello fino ad allora conosciuto nella casa del nonno. Tornata in Cile, nel 1962 si sposa con Miguel Frias, da cui avrà due figli, Nicholas e Paula. Da questo momento si dedicherà al giornalismo, mestiere che sarà da lei sempre molto apprezzato. Dopo il colpo di stato di Pinochet dell'11 settembre 1973, lascia il Cile nel 1975 e si trasferisce a Caracas, in Venezuela, dove rimane fino al 1988.
A quell'anno risalgono il divorzio da Frias ed il successivo matrimonio con William Gordon, con conseguente trasferimento in California, dove risiede tuttora, a San Rafael. Nel 1991 improvvisamente la figlia Paula, a ventotto anni, si ammala di una malattia rara e gravissima, la porfiria, che la trascina in un lungo coma. La madre Isabel non abbandona la figlia per tutto il tempo e rimane al suo capezzale; durante tutto questo tempo comincia a scrivere, raccontando i ricordi della loro vita insieme in una commovente autobiografia. Due anni dopo la scomparsa della figlia, avvenuta nel 1992, la Allende pubblica gli scritti nel libro Paula (1995). Tre anni dopo, nel 1997, raccoglie alcune delle lettere di solidarietà e affetto ricevute da tutto il mondo nel libro "Per Paula".
In tempi più recenti Allende si è dedicata alla stesura di una trilogia per ragazzi dedicata ai nipoti: i primi volumi sono stati "La città delle bestie" e "Il regno del drago d'oro", seguiti dall'ultimo volume, "La foresta dei pigmei". Il 10 febbraio del 2006 ha partecipato alla cerimonia di apertura della XX Olimpiade Invernale di Torino 2006 portando, insieme ad altre sette donne famose, la bandiera olimpica. Nel maggio 2007 è stata insignita a Trento della laurea honoris causa in lingue e letterature moderne euroamericane. Dai suoi lavori, sono stati tratti i film "La casa degli spiriti", di Bille August (1993); "D'amore e ombra", di Betty Kaplan (1994) e "Afrodita, el sabor del amor", di Fernando E. Solanas (2001).